Durant les vols Mercury, quand le centre de contrôle était à Cap Canaveral, les cabines étaient suivit presque entièrement du sol. Le système de contrôle manuel servait dans presque tous les cas de secours aux systèmes automatisé. Le sol servait de conseil en cas de problèmes. Avec le programme Gemini en 1964, le centre déménagera vers Houston.

En juillet 1959, le groupe de travail Space Task Group est réorganisé en trois divisions dont le groupe de coordination des opérations de Cap Canaveral sous la responsabilité de Christopher Kraft. Kraft a servit à Langley comme ingénieur aéronautique avant d'intégrer le STG et ses 35 membres. Kraft supervise le réseau de poursuite au sol pour Mercury et le centre de contrôle (procédures et contrôleurs). Le centre contrôle le vol du lancement au retour en mer. L'astronaute suit le plan de vol et transmet ses données au sol qui les valident ou les modifient en retour. En cas de problème, il suit les procédures du sol. 

Le Mercury Control Center est situé au bâtiment TEL 3 du Cap Canaveral (hangar S), l'ancien bâtiment de télémétrie de RCA sur la Mission Control Road. L'installation est terminée en octobre 1960 pour le premier vol Mercury. La salle de vol est équipé d'une large carte du monde, indiquant la position des stations de poursuite fixes et mobiles ainsi que de la cabine Mercury sur son orbite. Un petit cercle précède la cabine indiquant à chaque instant le lieu d'atterrissage en cas de retour en urgence.

De gauche à droite, en regardant la carte, sont indiqués le temps en GMT avec les heures, les minutes et les secondes, le nombre d'orbite, le décompte en heures, minutes et secondes, le temps passé (Elapsed time), le temps de la désatellisation en heures, minutes et secondes, une indication d'arrêt (située entre le nombre d'orbite et le décompte qui s'allume en cas d'interruption), Des écrans rectangulaires sont situés sous les cotés droit et gauche de la carte, connectés aux stations de poursuite. Des couleurs rouge, jaune ou vert indiquent le statut de la station et si elle communique avec la cabine. De chaque coté de la carte, des diagrammes indiquent l'état de santé de l'astronaute et de sa cabine contrôlé par deux superviseurs.   

Quatre panneaux situés en face des contrôleurs "retrofire" et flight dynamics" permettent de contrôler la zone d'atterrissage, la vitesse, l'angle de rentrée et l'accélération.

14 contrôleurs répartis sur trois rangées assurent le suivit de la mission :

1 Flight Surgeon;   2 Capsule Environment Monitor;  3 Capsule Communicator;  4 Capsule Systems Monitor;  5 Recovery Status Monitor; 6 Range Safety Observer;  7 FlightDirector; 8 Vehicle systems monitor 9 Vehicle Telemetry Monitor;  10 Recovery Director. 11 Operations Director; 12 Network Commander;  13 Retrofire Controller; 14 Flight DynamicsOfficer;

Des écrans de TV permettent d'observer les opérations de lancement. Trois caméras sont situées sur le LC 14 et une sur le LC 12.

Chris Kraft (ici avec Cooper) est né en 1924. Il vient de Langley, il participe au Space Task Group qui développe le programme Mercury et dirige tous les vols Mercury. En 1962, il part pour Houston pour superviser les vols Gemini et Apollo. Il est secondé par Gene Kranz, un ancien de l'USAF responsable des opérations de compte à rebours pour Redstone et Atlas. Il développe aussi les règles de mission, les procédures préparées à l'avance qui permettront de palier aux urgences.

Le CapCom, Capsule Communicator est un des 6 astronautes du groupe qui est chargé de parler avec le pilote de Mercury en vol. Il est basé au MCC, aux Bermudes et dans les autres stations de poursuite réparties autour du globe.

Le centre de contrôle des Bermudes "Bermuda Center Control", est similaire au MCC et sert de secours en cas d'interruption des liaison avec le lanceur pendant l'ascension. Il est supervisé par John Hodge.

La position du Flight Surgeon, du docteur est occupé dans le programme Mercury par un médecin militaire de l'USAF. Pour Gemini, il sera occupé par un médecin civil.
 

Le MCC sert encore pour les trois premiers vols Gemini en 1963-64. Ltoit du bâtiment qui abrite le Mercury Control Center a été détérioré tout au long des années qui ont suivit la fin des vols et devait être réparé. La NASA et l'USAF refusant d'effectuer les réparations, il est décidé de stopper la visite en autocar du centre de contrôle. Le MCC en 1968 Listé comme monument historique, le coût de restauration du MCC par la NASA a été estimé trop important. 5 millions était demandé pour restaurer complètement le bâtiment, contre un millions pour une simple décontamination de l'amiante au plafond. En 1999, la plupart des équipements est transféré au KSC Visitor ou une salle est donnée pour le reconstruire comme la réplique de la Firing Room dans le centre Saturn 5. En 2001, la salle peut être vue dans le film de James Woods "Race to space".         La destruction du bâtiment a lieu le 28 avril 2010. Pour la NASA, la proximité de l'eau et l'air salin a contribué à dégrader le bâtiment au fil des années.

Dès les premiers mois de Mercury, la décision est prise de développer un nouveau réseau de poursuite pour les vols habités. Une séries de stations de poursuite sont alors construites sur terre pour assurer la poursuite des vaisseaux, les communications voies, la télémétrie et les commandes. Les stations du réseau de poursuite mondial, World Wide Tracking Network WWTN permettent de suivre les vaisseaux afin de déterminer les paramètres orbitaux, de communiquer avec l'astronaute sans être interrompus plus de 10 minutes sur une orbite et pendant plus de 4 minutes au dessus de chaque station, d'assurer à tout moment un retour en urgence en toute sécurité et enfin d'assurer les communications entre toutes les stations au sol et le MCC de Cap Canaveral..

Les stations sont réparties autour de la terre afin d'assurer la couverture maximale d'une mission sur trois orbites. Le MCC du Cap contrôle toutes les stations avec en secours le MCC des Bermudes. Ce dernier sera mis hors service en 1962 après la coupure d'un câble de liaison sous marin. Le réseau de communication et d'information est assuré par le centre Goddard situé dans le Maryland à Greenbelt. Le Dod prête à la NASA quelques unes de ces installations, comme Atlantic Missile range, Pacific Missile range, White Sands Missile Range et Elgin Gulf Coast Test Range. La Grande Bretagne a construit une station aux Bermudes et sur les îles canton, l'Australie a prêté sa station de Woomera et a construit une station à Mucha. Le Niger a construit une station à Tunga et Chawaca et l'espagne a mis à disposition un terrain au îles Canaries. Pour couvrir l'ensemble des océans, 4 navires sont mis à la disposition de la NASA, le Rose Knot Vistor, Coastal Sentry Quebec, Twin Falls Victory et range Tracker. Au total, ce sont 19 stations de poursuite qui suivent Mercury en orbite, de part et d'autre l'équateur sur 32° de latitude.

Lorsque la durée de vol des cabines Mercury augmente, des stations sont rajoutées. Pour MA8 (6 orbites), le Rose Knot Vistor est déplacé de l'océan Atlantique vers le Pacifique. 3 nouveaux navires sont ajoutés (Huntsville, Watertoxn et American Mariner) autour des îles Midway pour enregistrer les données de la rentrée. Pour MA9 (22 orbites), c'est l'ensemble du réseau qui est modernisé avec l'ajout de radars, ordinateurs et navires dans les océans.